Um dos aspectos que mais desperta curiosidade em quem pesquisa sobre o UNIAENE é o internato — modelo de moradia estudantil que faz parte da identidade da instituição desde sua fundação e que a própria universidade destaca como um dos melhores do Brasil.
O internato consiste em residenciais dentro do próprio campus, em Cachoeira, onde os estudantes moram durante o período letivo. A estrutura é dividida entre residencial feminino e residencial masculino, ambos localizados na área do câmpus, no Recôncavo Baiano.
Diferente de repúblicas ou moradias estudantis comuns, o internato do UNIAENE segue uma organização própria, com horários definidos, refeições no próprio campus e uma rotina que combina estudo, convivência comunitária e atividades espirituais — reflexo da proposta confessional adventista da instituição.
Cursos com forte carga prática, como Fisioterapia, contam inclusive com estrutura própria integrada aos residenciais, facilitando o deslocamento dos estudantes entre moradia, aulas e estágios.
Por ser parte da Rede Adventista de Educação — presente em diversas regiões do Brasil e do mundo — o UNIAENE recebe estudantes de diferentes estados, atraídos tanto pela qualidade dos cursos quanto pela proposta de vida em comunidade oferecida pelo internato.
Nem todos os estudantes optam pelo internato. Muitos alunos, principalmente da região do Recôncavo, moram em Cachoeira, São Félix ou cidades próximas e se deslocam diariamente até o campus. Para famílias que vêm visitar filhos no internato, participar de eventos acadêmicos, formaturas ou até mesmo acompanhar o processo de matrícula, a cidade de Cachoeira é a opção mais prática para se hospedar, por ficar a poucos minutos do câmpus universitário.